Исследования состава микробиоты кишечника у детей методом ПЦР, Энтерофлор Дети

Краткое описание исследования «Исследование состава микробиоты толстого кишечника детей методом ПЦР, тест-система ЭНТЕРОФЛОР. Дети»

Функции и значение микробиоты кишечника

Микробиота кишечника человека – сложная система множества микроорганизмов (бактерий, грибов, вирусов, простейших), которые находятся во взаимодействии между собой и с организмом человека. Микробиота кишечника вовлечена в процессы пищеварения, в том числе с участием ферментов, которые отсутствуют у человека, важна для метаболизма жиров и углеводов. Синтезируемые микробиотой промежуточные метаболиты значимы для поддержания нормальных функций кишечника и здоровья человека в целом, они служат важным энергетическим субстратом для клеток эпителия, влияют на секрецию гормонов эндокринными клетками кишечника и моторику кишечника. Нормальная микрофлора участвует в обеспечении защиты от внедрения других бактерий и размножения патогенных организмов. Многочисленные данные свидетельствуют о том, что выраженные изменения в количестве и функции кишечных микроорганизмов (дисбактериоз, дисбиоз кишечника) могут играть роль в развитии различных заболеваний, как желудочно-кишечных, так и прочих, включая метаболические, аллергические, респираторные, неврологические и пр.

Формирование микробиоты кишечника в детском возрасте – длительный динамичный процесс. Кишечная микробиота младенцев, рожденных естественным путем или путем кесарева сечения, доношенных или недоношенных, при грудном или искусственном вскармливании – имеет свои особенности. Применение антибиотиков уменьшает общее разнообразие микроорганизмов (делая кишечную экосистему менее устойчивой к неблагоприятным воздействиям окружающей среды), приводит к увеличению содержания потенциально патогенных и резистентных видов. Определенные особенности питания, острые кишечные инфекции, паразитарные инвазии, нерациональный прием медикаментов и прочие факторы риска могут приводить к значимым сдвигам биоценоза кишечника. Нарушения формирования микробиоты у детей в раннем возрасте может иметь долговременные последствия и способствовать развитию заболеваний в более зрелом возрасте.

Краткий обзор информации о нормальном составе микробиоты кишечника и ее особенностях в детском возрасте см. здесь.

Методы определения качественного состава и количественной оценки микрофлоры толстого кишечника, особенности тест-системы «ЭНТЕРОФЛОР. Дети.»

Стандартным методом исследования состава микробиоты человека является культуральный метод (микробиологический посев). Однако 50-80% микроорганизмов, составляющих кишечную микробиоту, являются трудно культивируемыми и не выявляются микробиологическим методом, таким образом, микробиологические методы не отражают в полной мере реального состояния микрофлоры кишечника и ее биоразнообразия. Кроме того, результаты посева напрямую зависят от сохранения жизнеспособности микроорганизмов.

В последнее время значительное распространение получили молекулярно-генетические методы исследования. Метод секвенирования нового поколения (NGS) позволяет определять микроорганизмы с точностью до вида и вычислять соотношения между видами, именно по данным исследований NGS были определены таксоны, наиболее релевантные для повседневных исследований другими методами. Однако использование этого подхода как рутинного метода исследований затруднено. Метод ПЦР в реальном времени для исследования микробиоты более доступен для использования в клинической практике – это точное и быстрое количественное определение микроорганизмов в образце с использованием видоспецифичных или группоспецифичных праймеров и последующей нормализацией полученных результатов на количество копий генов-мишеней. Используемый формат исследования позволяет сочетать выявление крупных таксонов с детекцией нескольких ключевых видов и/или субпопуляций микробиоты.

В мультиплексном исследовании «ЭНТЕРОФЛОР. Дети» (разработка компании «ДНК-технология») для оценки состава микробиоты толстого кишечника детей возрастом до 14 лет методом ПЦР в режиме реального времени включены таксоны, составляющие не менее 99,9% суммарной прокариотической массы фекалий ребенка. Согласно имеющимся данным, были выделены функциональные таксономические группы, объединенные по основным метаболическим характеристикам и воздействию на организм хозяина. Таким образом, выявляемые в наборе реагентов «ЭНТЕРОФЛОР. Дети» таксоны детализированы до уровня клинической значимости с учетом возраста ребенка.

С какой целью выполняют исследование

Тест-система предназначена для оценки состояния микробиоты (нормобиоз/дисбиоз) с учетом долей нормобиоты и условно-патогенной микробиоты в общем количестве бактерий (ОБМ):

• количественная оценка представителей нормобиоты (филумы Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria), условно-патогенной микробиоты и грибов рода Candida;
• оценка разнообразия нормальной микробиоты;
• определение количества бифидо- и лактобактерий;
• определение видов бифидобактерий;
• расчет соотношения Firmicutes/Bacteroidetes;
• оценка присутствия представителей таксона Bacteroidetes;
• определение факторов патогенности и резистентности, гена метициллинрезистентности Staphylococcus spp. (mecA), Cl. difficile с генами энтеротоксинов А и В (tcdA, tcdB), Str. agalactiae с геном инвазивности (srr2).